继续延(📗)续上一季(🐤)的剧情，原来穆德受了骗，及(😛)时(❌)发(👜)觉错误后和史(🚅)考莉串通好来骗政(➗)府高层，以潜入一个“作为一个(🌘)普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的(🌷)资料。本季发展越来(🐑)越(💯)精彩，一(🖌)些没有(🚔)被完(🉐)全改造的混血外星人联(‼)合起来抵抗殖民阴谋(⛏)。史(🚇)考莉被绑架(🐖)时子宫(💠)被移除，但今年却出现了她的孩子—(🏹)—艾蜜莉(🥙)。今年制(🤨)作(🎒)小组(🏸)甚至找了两位知名(㊙)科幻小说家(➖)操笔，客(🥫)串写出两集剧本。另外今年也有(🌊)一(🅱)集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些(👺)角色及内容，“辛迪加”组织的(🔀)阴谋越来越明显(👈)，穆德再一次接近事(🕞)实的真(🥂)相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间(🙌)的关系做出重大考验。该季结束于吸(🍩)烟人烧毁了所有X档(🛫)案卷宗。